ATGC: Montpellier Bioinformatics platform

Bioinformatics for high-throughput transcriptomics

Le plateau est dédié à l'analyse in silico de données de transcriptome par séquençage haut-débit (SAGE, MPSS, DGE, CAGE, RNA-seq) ou par hybridation. Nous proposons les services suivants :

La localisation rapide d'ensemble de signatures (tags) transcriptomiques sur un génome de référence. Cette étape constitue un pré-requis à la prédiction de régions transcrites sur le génome cible et permet de mettre en relation les tags avec les annotations de leur contexte génomique.
Optimisation de la prédiction de régions génomiques transcrites à partir d'un ensemble de tags. Ceci comprend une analyse des taux d'erreurs de séquences des données transcriptomiques, et des taux d'erreurs de prédiction (type I et II).
Classification et analyse des données d'expression par hybridation avec le programme PermutMatrix. A partir d'un tableau de données d'expression vs conditions : clustering, sériation des données, réorganisation automatique des lignes et/ou colonnes pour mettre en relief et visualiser la structure sous-jacente des données.

Available softwares:

MPscan: positionnement d'ensemble de séquences courtes (reads/tags) sur un génome ou un ensemble de séquences transcriptomiques.
PermutMatrix: classification et sériation de données d'expression par hybridation.